1.电子商务会计核算和财务管理制度的空缺
目前，我国还没有电子商务会计核算和财务管理制度，尤其缺乏具有可操作性的指导文件。这将导致电商企业会计核算缺乏可比性和一致性，尤其是电商业务逐渐占据主导地位的企业，受到的影响就更大。在电子商务下的会计核算、财务管理、报表编制及会计档案保管等规定依然是空白的情况下，建议有关部门抓紧时间研究制定电子商务会计核算、财务管理等相关制度。
2.电商财务软件的应用问题
目前很多电子商务公司存在同时使用电子商务ERP软件、财务软件、网络平台中的存货管理软件的情况，建议实现三账合一，并与实物数据进行定期或不定期的核对。否则很容易导致存货管理不实，以及收入和成本核算不准确的情况发生。同时，建议电子商务ERP软件供应商增强其财务模块功能，升级版本，使之能与网络系统数据即时对接。
3.发票开具存在的问题
O2O模式的核心在于在线支付，即消费者将费用支付给互联网平台，由互联网平台公司（以下简称“网络平台”）按一定比率扣除平台服务费后将剩余金额支付给商品或服务的提供者。例如，张三向网络平台在线支付费用1000元并接受了李四依靠平台线下提供的服务，网络平台收款并给予李四一定的提成，假若按照收到款项金额20%的比例扣除平台服务费200元后，将剩余部分800元交给李四。
网络平台在这项业务中承担了业务中介的角色，其取得的平台使用费属于居间中介收入，但是目前的网络平台的发票开具实务操作与其经营业态并不相符。实务操作中，因为消费者将全部费用在网上支付给网络平台，因此消费者会要求网络平台就收取的费用全额开具发票，例如张三向平台支付费用，因此要求平台向其开具价税合计为1000元的发票，但这样操作与实际交易不符：
一是网络平台本身不是实际商品或服务的实际提供者，因此由网络平台向消费者全额开具发票存在发票流向与货物或服务流向不一致的问题；二是目前网络平台向消费者开具发票的交易品名通常与消费者购买的商品或服务不一致，存在未如实开具发票的问题。三是网络平台向消费者全额开具发票与实际经营业务——居间中介不符，有违法之嫌。
基于O2O平台发生的交易中，负有开具发票义务的是商品或服务的真正提供方，而网络平台向消费者全额开具发票会导致商品或服务的提供方无需开具发票，在“以票控税”的征管思路下，这将为商品或服务的提供方隐瞒营业收入，逃避纳税义务提供便利条件。如果平台向张三开具发票，则实际提供服务的李四无需开票，就可能隐瞒申报此项收入。“营改增”全面推行后，网络平台向消费者开具何种发票都需计算增值税销项税额。
如果网络平台扣除平台服务费后向商品或服务的提供方李四支付资金而不能从李四取得增值税专用发票，则会出现增值税进项税额无法抵扣的情况，造成网络平台税负过重的问题。
针对以上存在的涉税风险，网络平台有必要改变目前向消费者全额开票的操作方式。
鉴于电子发票尚未普及，而O2O平台上的商品或服务的提供者很多是未办理税务登记的个人，要求其直接向消费者开票并不现实，因此建议网络平台可以采用税局代开发票的方式，即在消费者支付费用时，就费用全额代替商品或服务的提供者诸如李四代开发票；在扣除平台服务费并向商品或服务的提供者支付剩余费用时，就平台服务费向商品或服务的提供者譬如李四开具发票，同时代扣代缴流转税和个人所得税。
例如，前例中的网络平台可以代李四向张三据实开具1000元全额发票，在向李四支付剩余费用时再根据扣减的平台服务费200元由网络平台向李四开具发票。这样可以确保防止发生违规开具发票的涉税风险；且网络平台将只就平台服务费这一增值服务缴纳增值税，符合现代服务业就服务这块交纳税款，如果商品或服务的提供者是企业，则由其自行向消费者开具发票，网络平台不再承担代开发票和代扣代缴税款的义务。
4.电商刷单很常见，属于违法，存在财税风险
目前不少电商尤其是新商户为提高店铺的销售排名、店铺好评等目的都普遍存在刷单现象，替人刷单者需事先垫付所刷商品全部金额，之后卖家再以其他方式返还本金及支付相应酬金。也有是自己购买自己的产品虚增交易量，虚增收入，给单位带来很大财税隐患。很多电商刷单后发空包，甚至串通快递买单号。单位财务做账不反映刷单交易，这样做会带来哪些财税风险呢？
大家知道，电商之所以难以监控，在于其隐蔽性，信息难以获取，有的电商不进行注册登记，尤其是个人电商，几乎完全游离于税收管理之外，税务机关束手无策。还有的电商隐瞒网上销售收入。随着“三证合一”，统一社会信用代码的全面推开，这些问题将有可能被解决。网上刷单其实质是无真实成交的交易，是一种虚假交易。部分卖家一是为了提高网店信用度，二是为了得到开具虚假发票的返点，其中的虚开发票犯罪值得警惕。社会上还存在以刷单为名进行钱财诈骗，带来极大的不良信用风气，实际上是对电商总体信用的破坏，不利于互联网电子商务的健康发展。
目前地方的税务机关已经与不少电商平台达成协议，可以从电商平台获取电商（包括个人）交易记录。有些电商（包括个人）刷单，结果被税务机关认为是实际销售收入征税，岂不自讨苦吃。
“三证合一”后，每个企业被赋予统一社会信用代码，成为企业唯一、终身的身份证号码。据媒体报道，我国正在起草的《电子商务法》规定，企业在网上注册店铺必须登记统一社会信用代码，并在网页明显位置显示；就个人来说，其身份证号码就是其统一社会信用代码，也要在注册店铺时登记，并在网页上显示。因此无论是企业还是个人，其在网上开设店铺的信息都会被税务机关掌握，电商（包括个人）不开发票、不纳税经营的情况将会置于税务监管之下。